Acesse o terminal SSH e digite os comandos abaixo:

cd /usr/src
rm -fv csf.tgz
wget https://download.configserver.com/csf.tgz
tar -xzf csf.tgz
cd csf
sh install.sh

Por padrão o CSF vem com o modo de teste ativado, você deve desativar em sua configuração. Caso use cPanel poderá configura-ló em plugins no WHM.