Isso ocorre quando você tem muitos arquivos ou os serviços usados estão criando arquivos com logs enormes.

Para verificar em que local o espaço está sendo usado acesse o terminal e digite os comandos abaixo:

cd /
du -sh *

Agora aguarde enquanto é calculado o espaço usado nas pastas. Será mostrado um resultado como no exemplo:

[root@teste ~]# cd /
[root@teste /]# du -sh *
5.6M    bin
7.1M    boot
32K     dev
5.2M    etc
2.1G    home
68M     lib
16K     lost+found
4.0K    media
4.0K    mnt
4.0K    opt
0       proc
432K    root
24M     sbin
0       selinux
4.0K    srv
0       sys
8.0K    tmp
601M    usr
170M    var
[root@teste /]#

Neste caso a pasta HOME usa 2.1GB, se você não tem tantos arquivos que possam usar 2.1GB algum serviço está criando logs na pasta /home.

Acesse a pasta com o comando:

cd /home

Em seguida verifique o tamanho dos arquivos e subpastas na /home com o comando:

du -sh *

O resultado será parecido com o resultado abaixo:

[root@teste ~]# cd /home
[root@teste home]# du -sh *
72K     admin
16K     soft
1.1G    test
1.1G    teste
[root@teste home]#

No nosso caso encontramos dois arquivos com 1.1GB que colocamos na pasta apenas para teste. Caso o resultado fosse:

[root@teste ~]# cd /home
[root@teste home]# du -sh *
2.1GB     admin
16K     soft
[root@teste home]#

Basta acessar a pasta /home/admin e usar o comando para listar os arquivos e subpastas com o tamanho de cada uma:

cd admin
du -sh *

Não use cd /admin para abrir a pasta caso já esteja na /home, basta digitar cd admin sem a / para abrir a pasta.

Caso tenha mais arquivos vá abrindo as subpastas até encontrar onde está usando muito espaço, como no exemplo:

[root@teste home]# cd admin
[root@teste admin]# du -sh *
2.0GB     arquivos
100M     outros
[root@teste admin]#